第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化学清理是一种相对较新的清理方式，它使用化学物质对化粪池进行清洗，同时能够消除异味、除垢效果好。化学清洗是通过环保清理产品，如油垢清洁剂、活性污泥等进行清理，以达到清洁、除臭等目的。这种方法清理效果好，速度快，但是会影响环境健康，需要注意防护措施，防止化学物质对人体造成损害。
长期不清理化粪池的危害：
化粪池是处理粪便并加以过滤沉淀的设备。其原理是固化物在池底分解，上层的水化物体，进入管道流走，防止了管道堵塞。化粪池长期不清理，首先就是分解之后产生的大量气体，其中有易燃易爆的甲烷和其他有毒、有异味的气体影响居住环境，还有隐患。而且异味问题会很头疼，谁都不愿意生活在满是秽物异味的环境里。
化粪池太久不清理会漏出来，化粪池长期不清理池底积累过量污物，有可能会渗到地底，污染地下水源，给周围的水系环境带来严重的破坏。也会漏出地面，影响生活起居和工厂作业。所以说要定期清理化粪池。
清理化粪池的具体步骤：
1、准备工作：首先，需要穿戴防护装备，如手套、口罩、防护眼镜等，防止清理过程中产生的异味和污染。同时，准备好必要的工具，如铁锹、水管、吸污设备等。
2、排空化粪池：打开化粪池的入口和出口，使用水管或泵将化粪池内的污水排空。注意不要将污水直接排入下水道，以免造成堵塞或污染。
3、清理沉淀区：使用工具将沉淀区的沉淀物和杂物清理出来，并集中处理。对于较硬的沉淀物，可以使用铁锤等工具进行破碎。
4、清理发酵区：发酵区是化粪池内和有机物的主要聚集地，清理时应特别注意。可以使用高压清洗机或吸污设备将污泥和杂物清理出来，同时也可以使用化学药剂进行分解。
5、处理：清理完毕后，可以使用剂对化粪池内壁和底部进行处理，以防止和病毒的滋生。
6、回填与恢复：处理完成后，使用适当的材料对化粪池进行回填，并恢复其周围的环境。确保回填材料符合相关规定，以保证化粪池的正常使用。