如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。
还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。
工程招投标后为了使交易时更加放心有保障，都会要求对方开具一份预付款保函，这样既可避免交易中爽约的损失，在任何银行开具预付款保函的企业，首先是银行的开户会员，然后都必须是合法的企业有相关的营业执照等合法文件、有足够的业务资质等等，然后就可以在银行申请预付款保函，审核通过后就可以开出了。
《中华人民共和国民法典》 第八百零七条 发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。