根据《办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》的要求：一、清理各类保证金。对建筑业企业在工程建设中需缴纳的保证金，除依法依规设立的投标保证金、履约保证金、工程质量保证金、农民工工资保证金外，其他保证金一律取消。对取消的保证金，自本通知印发之日起，一律停止收取。二、转变保证金缴纳方式。对保留的投标保证金、履约保证金、工程质量保证金、农民工工资保证金，推行银行保函制度，建筑业企业可以银行保函方式缴纳。
预付保函又称还款保函及退款保函，在贸易合同中还可以成为定金保函。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，有银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约(不管这种行为是有意的或者是无意造成的)，担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。
预付款保函的有效期：
一般按合同，银行长一般提供24个月担保时间，如果继续要提供履约保函，要再行申请，而且银行方面也会向接受履约保函方提出到期的公函。承包商履约担保的有效期是在合同中约定的。合同约定的有效截止时间一般为工程建设合同约定的工程竣工验收合格之日后30天至180天。
预付款保函与履约保函的区别：
履约保函是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
也就是说这是两个不同的保函，都是要交的。因此从某一个角度也能体现施工单位的经济实力。
不过不用担心，作为预付款的保函既然是为了保证预付款的，就不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。